اعتماد عمومی به فرآیند داوری و اعتبار مقالات منتشر شده تاحدی به‌نحوه برخورد با تضاد منافع در طول نوشتن، فرایند داوری و تصمیم‌گیری هیئت تحریریه بستگی دارد. تضاد منافع زمانی وجود دارد که نویسنده (یا مؤسسه نویسنده)، داور یا ویراستار روابط مالی یا شخصی داشته باشد که به‌طور نامناسبی بر اعمال او تأثیر بگذارد. این روابط کم و بیش ممکن است بر قضاوت تأثیر بگذارد. از سوی دیگر، پتانسیل تضاد منافع می‌تواند، وجود داشته باشد بدون توجه به این‌که آیا فرد معتقد است که این رابطه بر قضاوت علمی او تأثیر می‌گذارد یا خیر. روابط مالی (مانند استخدام، مشاوره، مالکیت سهام، حق‌الزحمه و گواهی کارشناس حقوقی) قابل شناسایی‌ترین تضاد منافع هستند و احتمالاً اعتبار نشریه، نویسندگان و خود علم را تضعیف می‌کنند. با این‌حال، تعارض می‌تواند به دلایل دیگری مانند روابط شخصی، رقابت تحصیلی و اشتیاق فکری رخ دهد.
همه شرکت‌کنندگان در فرآیند بررسی و انتشار دوفصلنامه «مطالعات تطبیقی فقه و اصول مذاهب» باید همه روابطی را که می‌تواند به‌عنوان تضاد منافع احتمالی تلقی شود، افشا کنند. سردبیران ممکن است از اطلاعات افشا شده در صورت تضاد منافع و یا منافع مالی به‌عنوان مبنایی برای تصمیم‌گیری‌های سرمقاله استفاده کنند. سردبیران نشریه باید این اطلاعات را در صورتی‌که معتقدند در داوری مقاله مهم است، منتشر کنند.
هنگامی که نویسندگان مقاله‌ای را ارسال می‌کنند، خواه یک مقاله یا نامه، آنها مسئول افشای تمام روابط مالی و شخصی هستند که ممکن است کار آنها را مغرضانه کند. برای جلوگیری از ابهام، نویسندگان باید به صراحت بیان کنند که آیا تعارضات احتمالی وجود دارد یا خیر. نویسندگان باید این کار را در مقاله در صفحه اعلان تضاد منافع که پس از صفحه عنوان مقاله قرار می‌گیرد، انجام دهند و در صورت لزوم، جزئیات بیشتری را در یک نامه همراه با نسخه ارائه دهند.
نویسندگان باید هویت افرادی را که به صورت کتبی یا به نحو دیگری (در مقاله) مشارکت می‌کنند، بیان کرده و منبع مالی این کمک را آشکار کنند. محققین باید تضادهای احتمالی برای بررسی هویت کمک‌کنندگان را آشکار کنند و باید در دستنوشته اعلام کنند که آیا این کار را انجام داده اند یا خیر.
مطالعات فردی به‌طور فزاینده‌ای از شرکت‌های تجاری، بنیادهای خصوصی و دولت بودجه دریافت می‌کنند. شرایط این بودجه پتانسیل سوگیری و در غیر این‌صورت بی‌اعتبار کردن پژوهش را دارد.
محققین تعهد اخلاقی دارند که نتایج تحقیقات معتبر را برای انتشار ارائه کنند. علاوه بر این، محققان به‌عنوان افرادی که به‌صورت مستقیم مسئولیت کار خود را بر عهده دارند، نباید قراردادهایی را منعقد کنند که دسترسی آنها به داده‌ها و توانایی آنها در تجزیه و تحلیل مستقل آنها و تهیه و انتشار مقالات را مختل کند. نویسندگان باید نقش حامی مطالعه را، در صورت وجود، در طراحی مطالعه شرح دهند. جمع‌آوری، تجزیه و تحلیل و تفسیر داده‌ها؛ نوشتن گزارش؛ و تصمیم به ارائه گزارش برای انتشار. اگر منبع پشتیبان چنین دخالتی نداشته باشد، نویسندگان باید آن‌را بیان کنند. در چنین مواردی، ویراستاران دوفصلنامه «مطالعات تطبیقی فقه و اصول مذاهب» انتخاب می‌کنند که اطلاعاتی را در مورد مشارکت حامی در بخش روش‌ها لحاظ کنند.
مدیریت دوفصلنامه «مطالعات تطبیقی فقه و اصول مذاهب» از انتخاب داوران خارجی با تضاد منافع بالقوه آشکار اجتناب می‌کند، برای مثال، کسانی که در همان بخش یا مؤسسه با هر یک از نویسندگان کار می‌کنند. نویسندگان اغلب اسامی افرادی را در اختیار ویراستاران قرار میدهند که فکر می‌کنند به‌دلیل تضاد منافع احتمالی، معمولاً حرفه‌ای، نباید از آنها خواسته شود که یک دستنوشته را مرور کنند. در صورت امکان، ممکن است از نویسندگان خواسته شود که نگرانی‌های خود را توضیح دهند یا توجیه کنند. این اطلاعات برای ویراستاران در تصمیم‌گیری برای رعایت چنین درخواست هایی مهم است.
داوران دوفصلنامه «مطالعات تطبیقی فقه و اصول مذاهب» باید هرگونه تضاد منافعی را که می‌تواند نظرات آنها را در مورد مقاله مغایرت داشته باشد، برای سردبیران نشریه افشا کنند و در صورت وجود احتمال سوگیری، باید از بررسی دست‌نوشته‌های خاص خودداری کنند. همان‌طور که در مورد نویسندگان، سکوت از سوی داوران در مورد تضادهای احتمالی ممکن است به این معنی باشد که تعارض وجود دارد و داور در افشای آنها کوتاهی کرده است یا تضاد وجود ندارد. بنابراین باید از داوران خواسته شود که به صراحت بیان کنند که آیا تعارض وجود دارد یا نه. داوران نباید از دانش اثر قبل از انتشار آن برای پیشبرد منافع خود استفاده کنند.
مدیران دوفصلنامه «مطالعات تطبیقی فقه و اصول مذاهب» که تصمیمات نهایی را در مورد مقالات می‌گیرند، نباید در هیچ‌یک از موضوعاتی که ممکن است قضاوت کنند، دخالت شخصی، حرفه‌ای یا مالی داشته باشند. سایر اعضای هیئت تحریریه، اگر در تصمیم‌گیری‌های تحریریه مشارکت داشته باشند، باید شرح فعلی منافع مالی خود را به سردبیران ارائه دهند (آن‌طور که ممکن است به قضاوت‌های تحریریه مربوط شود) و خود از هرگونه تصمیمی که در آن تضاد منافع وجود دارد، خودداری کنند. کارکنان تحریریه نباید از اطلاعات به‌دست آمده از طریق کار با مقالات برای منافع شخصی استفاده کنند. سردبیران نشریه باید بیانیه‌های افشای منظم در مورد تضاد منافع احتمالی مرتبط با تعهدات کارکنان نشریه منتشر کنند.
نویسندگان محترم لازم است هنگام ثبت مقاله، عدم وجود تعارض منافع را به همراه سایر تعهدات در فرم تحت عنوان «فرم تعهدنامه و توافق‌نامه نویسندگان» تأیید نموده و به همراه سایر فایل‌های ضروری ثبت نمایند. بدیهی است امضا و ثبت این فایل به منزله پذیرش تعهدات ذکر شده در متن تعهدنامه می‌باشد.